ايشان در اول ذيقعده سال ‪ ۱۷۳‬قمري (به روايتي سال ‪۱۸۳‬ قمري) در مدينه منوره چشم به جهان گشود. مادر پارساي وي نجمه و به روايتي خيزران نام داشت. او بزرگترين دختر امام هفتم (ع) و برجسته‌ترين آنها بود. دانشمند فرزانه حاج شيخ عباس قمي در اين‌باره مي‌نويسد:افضل آنها سيده جليله معظمهء فاطمه بنت امام موسي (ع) معروف به معصومه است.

نام او فاطمه و مشهورترين لقب ايشان معصومه است. اين لقب را امام هشتم ( ع) به وي عطا فرمود اگر چه روزگار با حبس‌هاي پي در پي و شهادت زود هنگام امام هشتم (ع) از همان اوان كودكي مهر و محبت پدرانه را از اين بانوي فرزانه دريغ نمود. ليكن دستان نوازشگر برادر بزرگوارش نگذاشت غبار غم بر آيينه دل او بنشيند آن حضرت (ع) از دوران كودكي به برادر بزرگوارش سخت انس گرفت و در دامن پر مهر وي پرورش يافت و از كشتزار دانش ، حكمت، عصمت و عفاف امامتش خوشه‌ها چيد. القاب متعددي همچون طاهره ، عابده، رضيه، تقيه، عالمه، محدثه، حميده، و رشيده گوشه‌اي از فضيلتها و سجاياي اخلاقي آن بانوي گرامي را بازگو مي‌كند. روزي گروهي از شيعيان از راه دور به ديدار امام موسي بن جعفر (ع) آمدند ولي ايشان به مسافرت رفته بود. آنان پرسشهايي داشتند كه آن را نوشته و به دست بانو معصومه (س) دادند. حضرت پاسخ آن پرسشها را نوشته فرداي آنروز به آنان رساند. آن گروه هنگام بازگشت در بين راه با امام كاظم (ع) برخورد كردند و ماجرا را شرح دادند.

امام فرمود: پاسخها را به من نشان دهيد. وقتي پاسخها را ديدند فرمودند:
ابوها فداها. يعني پدرش به قربان چنين دختري!
در پي عزيمت اجباري حضرت رضا (ع) از مدينه به مرو در سال ‪ ۲۰۰‬قمري و يك سال بي‌خبري خاندان پيامبر (ص) از وي اين بانوي گرامي تاب دوري نياورد و براي آگاهي از حال برادر سختي سفر را به جان خريد و در سال ‪ ۲۰۱‬قمري از مدينه به قصد مرو راهي ايران شد . از چگونگي اين سفر و همراهان وي اطلاع دقيقي در دست نيست. اما نوشته‌اند چون به ساوه رسيد سخت بيمار شدو از همراهان خواست وي را به قم برسانند.

هنگامي كه خبر آمدن ايشان به خاندان سعد اشعري رسيد تصميم گرفتند به پيشواز آن حضرت بروند ولي يكي از آنان به نام موسي بن خزرج بر ديگران پيشي گرفت و شبانه به استقبال وي شتافت. پس از شرفيابي مهار ناقه آن حضرت را گرفت و به سوي قم حركت داد.

استقبال گرم شيعيان قم از حضرت معصومه (س)
علامه مجلسي از تاريخ قديم (تاليف فاضل دانشمند حسن بن محمد كه در سال ‪۳۷۸‬ قمري نوشته شده) نقل مي‌كند كه گفت: قول صحيح تر اين است : هنگامي كه خبر ورود حضرت معصومه (س) به ساوه و خبر بيماري او به آل سعد (شيعيان عرب اشعري) رسيد آل سعد به اتفاق تصميم گرفتند به ساوه بروند و آن حضرت را دعوت كرده و به قم بياورند. در ميان آنها موسي بن خزرج بن سعد اشعري وقتي كه به كاروان حضرت معصومه (س) رسيد مهار شتر او را (كه آن حضرت در اين هنگام در ميان محمل سوار بر شتر بود) گرفت و او را به قم آورد و در خانه خود مهمان نمود . حضرت معصومه (س) شانزده يا هفده روز در خانه موسي بستري بود تا از دنيا رفت.

نظر به اين كه حضرت معصومه (س) دهم يا دوازدهم ربيع الثاني از دنيا رفت و شانزده روز در قم زيست نتيجه مي‌گيريم كه ورود آن حضرت به قم تقريبا در روز ‪ ۲۳‬ربيع الاول سال ‪ ۲۰۱‬قمري بوده است. مردم قم كه اكثريت قاطع آنها شيعه بودند از ورود حضرت معصومه (س) به قم بسيار شادمان شدند.

در اين چند روزي كه حضرت معصومه (س) در قم بود از فراق برادر مي‌گريست و بسيار غمگين بود. در سراي موسي بن خزرج عبادتگاهي داشت كه هنوز باقي است و هم اكنون آن مكان مقدس با بنايي با شكوه مشخص است و در كنار آن مسجد مجلل و چند حجره وجود دارد كه به عنوان مدرسه علميه ستيه (در محله ميدان مير قم) خوانده مي‌شود. سرانجام آن حضرت پس از هفده يا شانزده روز از دنيا رفت. مردم قم با خبر رحلت او بسيار محزون و سوگوار شدند به خصوص خاندان اشعري در سوگ و غم فرو رفتند.

ماجراي دفن جنازه مطهر حضرت معصومه (س)
زميني كه هم اكنون مرقد مطهر حضرت معصومه (س) و صحن و سراي آن حضرت در آن جاي دارد در عصر ورود حضرت معصومه (س) به قم با نام بابلان خوانده مي‌شد و از باغهاي ساحلي موسي بن خزرج اشعري بود. پس از وفات حضرت معصومه (س) جنازه مطهر او را غسل داده و كفن كردند. و به همين زمين آوردند تا به خاك بسپارند . آل سعد سردابي حفر كردند در اين وقت بين آل سعد اختلاف شد كه چه كسي جنازه آن حضرت را در آن سرداب به خاك بسپارد سرانجام اتفاق كردند كه سيدي پرهيزكار و پيرمردي پارسا كه به نام قادر معروف بود وارد سرداب شود و آن گوهر پاك را دفن كند. وقتي كه به سراغ آن پيرمرد رفتند ناگاه از جانب صحرا دو نفر سوار نقابدار پيدا شدند وقتي به نزديك رسيدند از مركب خود پياده شده و بر جنازه حضرت معصومه (س) نماز خواندند سپس داخل سرداب شده و جنازه را دفن كردند آنگاه بيرون آمدند و رفتند و كسي نفهميد كه آنها چه كسي بودند. آن گاه موسي بن خزرج سقف وسايباني از بوريا بر سر قبر مطهر برافراشت تا هنگامي كه زينب دختر امام جواد (ع) وارد قم شد و قبه اي بر روي آن مرقد مطهر بنا كرد.

بعضي احتمال داده‌اند كه نقابدار حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) بوده اند . اين موضوع نيز در جاي خود بسيار مورد توجه است از اين رو كه در مورد امامان (ع) دستور داده شده كه جنازه آنها را امام دفن كند. بعضي از خواص نيز داراي چنين امتيازي هستند مانند حضرت عباس (ع) كه جنازه مطهرش را امام سجاد (ع) دفن كرد وقتي بني اسد براي كمك پيش آمدند امام سجاد (ع) به آنها فرمود : كساني ( از فرشتگان و ملكوتيان) همراه من هستند و مرا در دفن جنازه حضرت عباس كمك مي‌كنند.